窦性心律不齐绝大多数都是生理性的，如果是生理性的窦性心律不齐，并不需要给予药物来治疗。
生理性的窦性心律不齐多见于青少年，跟呼吸有关，随着年龄的增加，窦性心律不齐会逐渐消失，并不会对人体造成不良的影响。
当然，有一些窦性心律不齐的患者，会伴有器质性的心脏病，这时候需要针对相关的心脏病进行治疗，如心肌炎的患者可以给予营养心肌的药物。如果是严重的心动过缓，伴有心律不齐，要给予提高心率的药物，有些患者必要时还要给予起搏治疗。