常见引起宝宝腹泻的病菌有大肠杆菌、空肠弯曲菌、耶尔森菌。首先，致病性大肠杆菌会粘附在肠黏膜的上皮细胞，导致肠黏膜微绒毛遭到破坏，局部充血水肿后会导致腹泻。
致病性大肠杆菌甚至可以粘附到全肠道，空肠弯曲菌包括胎儿型、空肠型和结肠型三种。最后耶尔森菌对肠黏膜和小肠造成侵袭，产生毒素导致分泌性腹泻发生。
细菌感染所引起的腹泻比较严重，严重时出现全身发热的表现。在医生的指导下服用或者注射抗生素的药物，控制腹泻。用药的过程让宝宝多喝水，有利于体内毒素的清除和纠正脱水、缓和电解质紊乱现象。