单纯疱疹与生殖器疱疹的区别主要在发病的部位、复发的频率和感染的病原体不同。
单纯疱疹一般是感染单纯疱疹一型病毒，而引发的疾病，好发部位在口唇周围，个别人会生长在眼睑周围。而生殖器疱疹则是感染单纯疱疹二型病毒，而引发的一种性传播疾病，好发在生殖器周围或者肛门周围。单纯疱疹一般复发的概率较低，而生殖器疱疹复发的概率相对较高，个别人群可以达到每年复发六次以上。
而治疗方面，两种疾病的治疗方法没有明确区别，都是选择使用盐酸伐昔洛韦，或者是泛昔洛韦等抗病毒类的药物来进行系统治疗。