呼吸暂停综合征可以采用手术或者非手术的方式治疗。如果是因为呼吸道占位性的疾病，所引起的呼吸暂停综合征，患者需要采用手术方式来治疗。比如鼻咽肿瘤患者，可以采用手术的方式切除肿瘤，非手术的方式有药物以及无创呼吸机等等。
如果是因为咽喉阻塞导致的呼吸暂停综合征，可以采用无创呼吸机的方式来治疗，也可以服用药物治疗。
对于肥胖的人群，也会出现呼吸暂停综合征的问题，这种情况下只能通过减肥方式治疗，也可以采用药物来辅助治疗。