小儿疱疹性牙龈口炎在治疗方面可以局部涂抹促进组织粘膜修复的药物，也可以涂抹一些清热的中成药物，可以局部涂抹康复新液，或者是西瓜霜喷剂。
主要的原则就是对症治疗以及抗病毒治疗，因为这种疾病是属于疱疹病毒感染导致的疾病，如果有发烧症状，可以选择服用布洛芬混悬液退烧治疗，可以给孩子口服转移因子口服液，抗病毒口服液进行对因治疗。
如果有咳嗽吞咽疼痛，还可以配合一些止咳化痰类的药物，每天测量两次体温，多饮水，积极的控制感染，一周左右疾病就会逐渐恢复。