肛门畸形有瘢痕一般是手术创面过大、肛周组织塌陷、瘢痕形成引起的，通常见于肛周脓肿和肛瘘手术后。
肛周脓肿主要是因为局部出现急性的炎症性脓肿，需要做手术切开引流，手术后局部还有可能出现炎症，而导致有硬块增厚，逐渐形成瘢痕。
如果是高位性的肛瘘，由于可能存在有多个内口和瘘管，手术较复杂，要把内口、外口和瘘管一并切除，手术后留下的创伤面较大。手术后即使抗炎治疗，也有可能引起炎症，皮下组织缺损，最后形成疤痕。