支原体感染有一定自限性，部分轻症的患者不使用药物也可以自愈。
但使用抗生素可以缩短病程，减轻病情，减少并发症的发生。常用于抗支原体感染的抗生素有大环内酯类抗生素和喹诺酮类的抗生素。阿奇霉素是一种大环内酯类的抗生素，有很强的抗支原体感染的作用。阿奇霉素半衰期长，服用3天就可以停药，有效的药物浓度可以维持10天。
但是随着阿奇霉素的广泛使用，目前支原体对阿奇霉素的耐药率也在日渐增高。如果阿奇霉素使用3到5天后患者症状没有明显的缓解，大于18周岁以上的人群可以考虑换用喹诺酮类药物来进行治疗。