非结核分枝杆菌有可能会复发。非结核分枝杆菌治愈相对是比较长的，大约需要8~24个月。
多数患者在医生指导下应用一些抗结核的药物来进行治疗。也可以应用一些激素类药物和提高自身免疫力的药物来进行改善，达到治愈的效果。但是也有一部分患者因为长期服用抗结核药物，导致非结核分枝杆菌出现耐药性，故而使得疾病复发。
此时需要停止使用一段时间药物，注意个人的护理，定期到医院进行复查。之后根据医生建议，更换其他药物进行治疗，服药期间不要私自停药或者减药，以免疾病复发。