肾囊肿的治疗要看肾囊肿的大小以及肾囊肿对人体的影响，肾囊肿多数不需要治疗。尤其是单个的或者是少量的比较小的囊肿，对于肾囊肿要定期的观察病情变化。
有些肾囊肿没有特殊的治疗方法，比如多囊肾，多囊肾属于遗传性的疾病，患者的病情会不断的进展，晚期会导致甚至功能出现衰竭。
对于比较大的肾囊肿，如果对肾组织或者腹腔的其它器官造成了压迫症状，可以给予患者进行手术的治疗，减轻肾囊肿的压迫症状。