间质瘤与胃癌的组织来源不同，间质瘤主要起源于胃肠道的间叶组织，间质瘤可以向多种成分发展，胃癌细胞主要起源于上皮组织，二者的细胞来源有明显的不同。
间质瘤与胃癌的发病部位也不同，间质瘤可以发生在患者的胃部，也可以发生在患者的肠道，胃癌主要发生在患者的胃黏膜。
发病部位不同也就会导致患者的临床表现不同，胃癌的患者主要表现为胃部的不适，比如胃痛、胃酸等。间质瘤除了胃部之外还可以发生的肠道，可以导致患者出现肠梗阻的症状，有些患者可以出现腹痛，部分患者还可以伴有大便性状的改变。