虽然没有权威统计，但是阴茎畸形的发病率不是太高，在泌尿外科门诊上，阴茎畸形的患者占比很少。
阴茎畸形主要是在胚胎发育过程中，形成外阴的生殖道发育不良所导致。阴茎畸形如果不治疗，会影响男性的生育能力和性功能，从病因上看，阴茎畸形主要是由先天性因素所导致，包括尿道上裂、下裂、双阴茎、阴茎短小、阴囊后阴茎、包皮过长、包茎等情况。
除此之外，手术、阴茎损伤也会引起海绵体受损，进而导致感染。阴茎畸形一般保守治疗无效，大部分需要行整形手术来得到满意效果。