鳃裂瘘管主要依靠非手术治疗、手术治疗。
非手术治疗为临时性处理，主要适用于不适合或暂缓手术治疗的病人。手术切除瘘管后修复即可，此方法可以根治鳃裂瘘管。鳃裂瘘管是一种先天性鳃部发育不良的耳鼻咽喉科疾病。鳃裂瘘管按瘘管部位不同，症状有所区别。
第一鳃裂瘘管主要表现为耳内流脓、下颌角后下方有肿块，压之耳内分泌物增多，继发感染可出现疼痛、发热等症状。
第二、三、四鳃裂瘘管在胸锁乳突肌前缘有瘘口，有时瘘口很细，细如针尖或小凹陷，常有少许分泌物，病人常觉口内有臭味。