脑型肺吸虫病的治疗主要为病原治疗，由于寄生虫引起的急性和亚急性脑膜脑炎情况，需要在专科医生指导下应用药物驱虫治疗并减轻脑部并发症。药物有一定不良反应，轻微以头昏、恶心、呕吐、胸闷多见，一般不影响治疗。
脑部如果有明显压迫症状，且病变不属于萎缩型者可采用手术治疗，手术可采用减压术。
当病灶局限，形成脓肿或囊肿时也可切除病灶，术中应尽量去除成虫，阻止更多的神经组织受损。若病灶与脊髓有粘连时，以不损伤脊髓为原则。