秋季之所以容易发生急性腹泻，主要是因为病毒或者细菌等致病微生物感染导致。
秋季温度逐渐下降，比较适合病菌大量繁殖，食物就更容易发生腐败和变质。这些食物一旦被人体摄入后，就有可能会导致急性胃肠炎，出现恶心、呕吐以及腹痛、腹泻等症状。尤其是儿童，由于发育未完善，消化道功能相对较弱，更容易受到感染而出现腹泻的现象。
除此以外，秋季温差也较大，夜间睡眠时如果腹部受凉也会引起腹泻。秋季腹泻一段时间后多可自愈，必要时，可使用益生菌或者止泻药物治疗。