乙肝E抗体阳性，是因为乙型肝炎E抗原刺激机体的免疫反应，从而产生的抗体。乙肝E抗原来源于乙型肝炎病毒核心颗粒，乙型肝炎核心颗粒包含乙型肝炎核心抗原。乙肝核心抗原裂解时，可以产生乙型肝炎E抗原。
乙肝E抗原是乙肝病毒急性感染的标志，或者是乙型肝炎病毒复制比较活跃的标志。当乙型肝炎病毒复制逐渐趋于稳定，E抗原就会消失，可以刺激机体的免疫反应，产生乙型肝炎E抗体。
当乙型肝炎E抗体阳性时，就标志着乙型肝炎病毒感染时间比较长，病毒复制处于非活动期，传染性已经不强，通常病毒载量也不高。