多囊肾的治疗主要是及时地处理并发症。
因为多囊肾是一种隐性遗传病，是由于基因决定的。所以，肾囊肿比较小，对正常的肾脏组织及其他的腹部组织没有造成压迫的时候，一般不需要特殊的处理。随着病情的进展，会出现囊泡破裂引起肾结石、血尿、肾功能不全等一系列的并发症，这个时候需要根据囊肿的大小，行囊液吸出或囊泡切除术进行治疗，减少对其他脏器的压迫，延缓肾衰的进展。
如果到了肾衰竭或尿毒症期，要积极地行肾替代治疗。平时要注意定期复查双肾彩超，监测囊肿的大小。