引起胃溃疡的细菌是幽门螺杆菌，幽门螺杆菌不仅能够引起胃溃疡也是导致十二指肠球部溃疡的重要病因，胃溃疡的患者幽门螺杆菌感染的阳性率占到60%到90%。研究也发现，幽门螺杆菌阳性率高的人群胃溃疡的患病率越高，根除幽门螺杆菌不仅有助于胃溃疡的愈合，也能够显著的降低溃疡的复发。所以对于幽门螺杆菌阳性的胃溃疡病人，系统治疗应该根除幽门螺杆菌。根除的方案现在主张是四联药物，也就是一种质子泵抑制剂，一种铋剂和两种抗生素。
如果病人没有青霉素过敏史，这两种抗生素其中一种首选青霉素类，另外一种可以选择左氧氟沙星或、克拉霉素、呋喃唑酮或者是四环素根除的疗程一般是14天。如果想明确根除以后是否细菌已经彻底清除，需要停药一个月以后再进行呼气实验检测。呼气实验检测是检查幽门螺杆菌无创的一种常用的检查方法，操作简单易行并且对病人没有任何创伤，还可以反复进行复查，呼气实验是需要空腹来检查的。