肛窦炎不会引起全身的症状。当进展为肛周脓肿时，可以引起发热等全身症状。
肛窦内藏有肛腺，当肛腺水肿阻塞后容易形成感染，诱发肛窦炎。同时肛窦内还容易残留少量的粪便。当机体免疫力下降时，也可以引起炎症反应，可以引起肛门持续性的隐痛不适，有时候可以引起肛门坠胀不适。
由于窦炎的炎症较局限，一般不会引起全身明显的症状。如果肛窦炎治疗不及时或者不规范，可能进展为肛周脓肿，形成化脓性炎症，可以引起发热、寒战等全身症状。