脑干的胶质瘤是肯定能进行手术治疗的，从理论上来说，脑干胶质瘤的手术适应症，只要是肿瘤相对的局限，均可以进行手术治疗。但是由于脑干体积比较小，脑干内有许多重要的神经核团结构，因此进行脑干胶质瘤的手术，更具有挑战性。
要在保障病人安全的前提下，在保留神经功能的前提下，尽可能的、最大限度的进行切除肿瘤，有些肿瘤可以全切除，但是大部分的脑干肿瘤都没有办法进行全切除。
手术完了以后，还需要补充进行放疗，对于一些残存的肿瘤，或者是没有办法进行手术的脑干肿瘤患者，放疗通常能够缓解临床症状，有效地改善患者的生活质量。