附睾囊肿如果没有合并感染，不需要使用消炎药治疗。
对于囊肿比较大，引起胀痛不适，可以考虑手术将囊肿切除。如果附睾囊肿合并感染，则可以使用消炎药治疗。成年男性可以服用喹诺酮类消炎药，包括左氧氟沙星或者莫西沙星。如果是未成年男性，服用头孢类消炎药，包括头孢克肟、头孢孟多。
合并感染的时候，还可以使用热敷的方法促进血液循环，有利于炎症消散，同时能够缓解疼痛症状。在治疗期间注意饮食清淡，不能饮酒。