真菌性角膜炎疾病本身一般不会引起头痛的症状出现，但是其并发症有可能会导致头痛。
真菌性角膜炎的病变位置主要在角膜或者结膜，病情可由表层向内部深入发展，患者可有明显的视力下降、眼痛、异物感等症状出现。真菌一般不会影响到神经或者脑部组织，因此不会出现头痛的情况。
但是真菌性角膜炎病情迅速发展，控制不及时，可造成角膜穿孔，引发虹膜睫状体炎、瞳孔膜闭等并发症。还有可能会继发青光眼，发作期眼压升高，可引起眼痛、头痛等症状。