月经总不干净主要原因有以下几种：
1.子宫内膜病变。子宫内膜炎、子宫内膜结核感染、子宫内膜癌等，都会影响子宫内膜正常脱落，就会出现月经总是不干净，经期延长等。需要及时进行刮宫，明确病变程度予以治疗。
2.子宫肌瘤。子宫肌瘤虽然是一种良性肿瘤，但是由于生长在子宫平滑肌组织间，就会影响子宫正常收缩。子宫收缩不好会造成持续性出血，就可能导致月经淋漓不尽的现象发生。
3.慢性肝病。虽然慢性肝病是肝脏疾病，但是会影响机体的凝血功能，就会使月经血量增多、经期延长等，造成月经总是不干净。