目前关于乙肝肾炎采取的是综合治疗的措施，包括一般治疗和抗乙肝病毒治疗。一般治疗是指患者要生活规律、适当营养，营养主要来源于瘦肉、鱼、鸡蛋和牛奶，同时补充一些新鲜的蔬菜与瓜果。
如果患者在合并有高血压的情况下，应当使用血管紧张素转换酶抑制剂，或者血管紧张素受体拮抗剂，可以起到降低尿蛋白、控制血压的作用。如果患者合并有高脂血症，可以使用他汀类药物降低血脂，如果合并有水肿的情况下，也可以适当使用利尿剂或者静脉补充蛋白等一些非特性的治疗，而且在饮食方面还要低盐饮食。
除此以外，在抗乙肝病毒方面主要使用α干扰素和核苷类药物，比如拉米夫定、恩替卡韦等。抗病毒药物的联合治疗目前也正在探索中。如果在抗病毒治疗以后，乙肝病毒复制指标已经转为阴性，而肾病依然没有缓解的情况下，可以试用糖皮质激素，但是需要密切随诊患者乙肝病毒复制的情况。