肉毒杆菌除皱的副作用是对于相应的位置会产生麻痹，会使表情变得僵硬。如果麻痹的范围超出正常的预期，还会导致并发症的出现，比如求美者抬眉影响上眼睑睁开，都会导致看上去在注射之后眼睛的灵动性受到影响。
如果注射除皱的时候，影响眼内肌的肌肉麻痹，就会导致求美者出现复视、看东西重影、畏光等不良反应。而且如果注射除皱的位置影响两侧口角的对称活动，还会使求美者表现出轻微面瘫的不良反应。这种不良反应只是一过性，会在注射之后的2~3个月慢慢地恢复自然。
此外，选择除皱针注射，一旦药物剂量比较大，就会出现注射之后的肉毒素中毒症状，表现为全身无力、呼吸困难、吞咽困难这种严重的并发症。