患者急性放射性甲状腺炎可能会有后遗症。首先是放射性甲状腺功能减退症。它是指甲状腺局部一次，或短时间数周内多次大剂量受照，或长期超当量剂量限值的全身照射，所引起的甲状腺功能低下。处理原则如下：要密切观察病情，每年复查一次。tsh及血脂持续升高者，给予甲状腺制剂替代治疗，暂时脱离射线工作，恢复后可继续从事放射性工作。
第二个是放射性甲状腺良性结节。放射性甲状腺良性结节是指甲状腺组织，受到大剂量或长期超当量剂量限值的照射后，诱发的结节性病变。