一次性肛门镜的使用方法和内窥镜差不多。在操纵过程当中，在肛门镜涂抹润滑油，然后轻轻地插入患者的肛门，慢慢地轻压肛门进行扩肛，然后再把肛门镜推进去，先朝起孔的方向，再拔出芯子，观察芯子是否存在有血迹。
肛门镜本身存在有光源，可以很直观清楚地观察肛门内是否存在有糜烂、破裂、感染、出血、息肉、痔疮等。从而为临床制定治疗方案，提供较为准确的依据。
做一次性肛门镜后饮食要清淡，吃容易消化的食物，禁吃难消化的食物，避免刮伤肠道黏膜。