肛周脓肿二次复发，是因为肛周脓肿手术时只做了切开引流，将脓液引出，没有找到和处理感染源，也就是肛管内肛窦处。所以造成肛周脓肿复发，需要二次手术。
肛周脓肿的发生主要是肛管内肛窦感染。肛窦和肛腺感染后，感染向肛周组织间隙内蔓延，在肛周皮下组织形成脓肿。手术时将肛周脓肿切开，引流出脓液，没有寻找和处理感染源肛窦和肛腺处，切口愈合后会再次出现感染。还会在原切口处形成脓肿，有时脓肿破溃形成肛瘘，需要二次手术。