新冠肺炎对人体的损害主要集中在肺脏，同时可能会伴随脾脏、骨髓、心脏、肝肾等其他器官的损伤。
新冠肺炎病毒主要侵犯的是肺部，会导致肺部出现弥漫性肺泡损伤，严重影响肺部正常的呼吸功能，导致重症患者出现呼吸困难或低氧血症，甚至可能会进一步进展最终导致患者死亡。
除此之外，患者还会出现骨髓造血细胞减少，脑组织充血、水肿，以及食管、胃不同程度的损伤，尤其对于男性患者而言，还可能会出现不同程度的生精细胞的减少，影响生育。