临床上依据肾上腺意外瘤的具体类型、是否分泌激素、肿瘤的大小等不同，制定不同的治疗方案。对于肾上腺囊肿、肾上腺结核、髓脂瘤、血肿等肾上腺意外瘤临床上一般不给予手术治疗。
如肾上腺意外瘤明确为转移瘤，只存在于一侧肾上腺，对侧肾上腺及其他部位都未发现转移的病人，临床上常常将患侧肾上腺转移瘤手术切除。
有激素分泌功能的肾上腺意外瘤应手术切除，直径大于4cm的肿瘤应手术切除，肿瘤明显增长，考虑为恶性肿瘤的肾上腺意外瘤应给予手术切除。对于直径小于4cm者，如无恶性肿瘤的影像学特征，也无激素分泌功能，可以观察随访。