引起小儿肝功能受损的原因不同，肝功能治疗效果以及预后也不同。
常见的各种病原体感染、细菌、病毒、支原体感染是最常见的损伤肝功能的原因，药物性肝炎也是一种常见原因。婴儿时期肝脏相对比较大，它的出血量和血流量要比成人多，所以肝脏的含血量以及对氧的需求量也高。在感染的时候对各种病原菌和毒素都敏感一些，所以容易出现肝功能的异常。
病毒感染时肝细胞发生浑浊肿胀、脂肪变性、坏死从而导致肝功能各项指标增高。药物性肝功能损害有时和感染同时存在，停用引起肝损害的药物并进行保肝治疗以后多数预后都良好。