细菌感染引起的咳嗽，多见于呼吸系统疾病，比如肺炎、支气管炎、上呼吸道感染。
首先，需要明确感染的类型，在医师指导下合理地应用抗生素进行治疗，比较常用到的药物包括克林霉素、左氧氟沙星、头孢克肟、阿莫西林等。由于呼吸道感染的细菌，在临床上多以革兰氏阴性杆菌为主，可以选择喹诺酮类或头孢类药物。
如果在咳嗽的同时，伴随难以咳出的黏稠痰液，还需要应用溴己新、盐酸氨溴索等化痰止咳药物治疗。除了口服的方式以外，也可以通过雾化的方式将痰液稀释，促进排出。
若用药后症状未能改善，还要警惕是否存在一些特殊细菌的感染。比如结核分枝杆菌，确诊后需要给予抗结核药物治疗。