肾结石如果合并感染，小便时会有疼痛的感觉。如果肾结石不引起梗阻症状，尿液中一般不含有细菌，患者小便一般没有疼痛的感觉，但有时会有血尿的症状。
而如果肾结石因大小、部位的不同，导致肾脏扩展、积水，肾脏排尿受阻，会导致尿液感染。尿液感染可以播散至其它泌尿系统的器官或组织，引起炎症反应，患者在小便时会有疼痛的感觉。
有些肾结石可以排入输尿管中，形成输尿管结石。在病情发作期间，可以导致患侧的腰腹部疼痛，一般疼痛比较剧烈，同时可以伴随恶心、呕吐症状。也可以引起放射痛，表现为阴茎、龟头疼痛。