口腔扁平苔癣的治疗首先身心调节，加强与患者的沟通，帮助其调整心理状态。同时注意调节全身状况，如睡眠、消化道情况等。
局部治疗，首先是去除刺激因素，消除感染性炎症。维a酸类药物，对于角化程度高的患者效果好。肾上腺皮质激素在病损区基底部注射对糜烂溃疡型，有较好疗效。
对迁延不愈的口腔扁平苔癣应注意由白色念珠菌感染，可使用氯己定漱口液，治霉菌素含漱液或碳酸氢钠液含漱，亦可用制霉菌素药膜或糊剂局部涂抹。全身治疗，包括口服肾上腺激素，雷公藤等免疫抑制剂，还可以选择中医中药治疗。