甲状腺囊肿产生的危害主要还是看它的性质和大小。首先如果是小的、单纯性的甲状腺囊肿，是对人体没有危害的。但是随着时间的推移，有的甲状腺囊肿会长得非常大，低头都困难，从而影响正常的生活。严重的有时候巨大的囊肿会压迫气管，引起呼吸困难，还会出现囊肿里面出血的情况。
如果甲状腺囊肿合并有甲亢的症状，会有心率快、手心易出汗、手发抖、易激怒等症状。如果甲状腺囊肿是继发于甲状腺结节、甲状腺瘤，应该穿刺病检，明确诊断，并密切观察它的大小，必要的时候手术切除，免得发生恶变。
如果囊肿是甲状腺癌坏死形成的，就会出现一些恶性肿瘤的症状，侵犯正常的细胞组织，需要尽早进行手术切除、淋巴结清扫。