如果只是单纯地行膀胱镜检查通常不需要行灌肠做肠道准备，特别是在不需要行麻醉配合的情况下。
但是在行膀胱镜检查前，要对尿道口及女性外阴做好充分的清洁、消毒，避免膀胱镜将尿道口及外阴处的细菌带入到尿道及膀胱内，引起急性尿道炎和急性膀胱炎。如果是在膀胱镜下行膀胱壁肿块微创手术切除治疗时，术前最好行清洁灌肠做好肠道准备。
因为在膀胱镜下切除膀胱壁肿块时可能会穿透膀胱壁，导致膀胱直肠瘘的发生。若检查前未行清洁灌肠，直肠内的粪便就会通过瘘道进入膀胱内导致严重的感染，出现严重的并发症。