肛瘘手术在伤口完全愈合后才没有分泌物，一般需要3~4个星期，需要根据病情的轻重决定。
肛瘘是细菌感染引发的炎症性疾病，分为低位肛瘘和高位肛瘘。如果单纯是低位肛瘘，手术比较简单可以行肛瘘挂线术。术后伤口做好局部的消毒、换药，一般2个星期左右可以逐渐愈合，3个星期伤口完全愈合，就不会再有分泌物流出。
高位肛瘘是由于瘘管比较多，可能是多个瘘口，要行高位的挂线术治疗。手术后要促进引流通畅，伤口局部的分泌物可能一直存在，直到伤口完全愈合为止，需要4个星期左右才可以完全愈合。