目前来讲没有完全搞清楚，目前主要的观点包括大脑神经发育障碍，导致脑内存在微小的病理变化是这个疾病的发病基础。遗传和环境因素在精神分裂症的发病过程中，也起到了重要作用。目前认为精神分裂症是神经发育障碍的大脑疾病。这个观点认为，在脑内神经元及神经通路发育和成熟过程中出现紊乱，导致发病，有可能存在大脑神经环路的病理改变。第二是遗传因素，目前研究表明，遗传学因素是精神分裂症发病的危险因素，但是这个病又是一种复杂的多基因遗传病，遗传度为70%到85%，不是由单个基因遗传导致的，而是由多个微效或者是中效基因共同作用，而且在很大程度上是受环境影响的，一系列的环境因素是精神分裂症发病的重要因素，既有生物学的因素，也有社会心理学的因素，比如说，在胎儿期母体感染、严重的营养不良、微量营养素的缺乏，胎儿缺氧、重金属中毒，产科并发症，例如产伤，缺氧，先兆子痫等，青少年期和成年早期用大麻等精神活性物质以及儿童期颅脑创伤感染。还有受孕时父亲年龄过大，一般超过45岁，还有出生季节在冬末春初，社会心理因素抓包括经济状况差、移民以及应激性生活事件，例如童年期创伤，母婴分离、发病前应激性事件的，还有神经生化因素也就是神经递质失调。