咽部结核患者在疾病的治疗期间，使用的药物主要是以一线的抗结核药物为主，此类药物主要包括利福平、吡嗪酰胺、异烟肼等。
抗结核药物可以有效地消除患者咽喉部位的结核杆菌的感染，同时对于存在有肺部结核或者是喉部结核的患者，口服药物也可以起到全身性的抗结核治疗的功效。
对于部分咽喉部位有剧烈疼痛以及吞咽困难的患者，可以选用丁卡因等镇痛药物来进行疼痛缓解的治疗。对于局部存在有溃疡的患者，也可以使用乳酸或者硝酸银等药物来配合治疗。