肥厚型心肌病患者如果能具有手术适应症，通过手术是可以治愈的，远期生存率跟正常人是一样的。
并不是所有的患者都需要进行手术，对于肥厚型心肌病患者最基础的治疗还是用药。如果用药效果差有心功能不全的病人，出现严重流出到梗阻等情况，可以考虑进行手术。首选的是时间隔切除手术，是外科的开胸手术。
但是，如果患者年龄太大难以耐受开胸手术，可以考虑行无创的酒精时间隔消融术，但是这种手术有时候难以一次性根治。