1、染色体异常，胚胎本身发育异常导致的停育，是遵循了“优胜劣汰、自然选择”法则。染色体异常最常见的就是三倍体。
2、内分泌失调，如果母亲体内激素不足，不能满足胚胎发育的需要，就有可能导致胚胎停育，最常见的是黄体功能不全。
3、免疫因素，包括目前患有自身免疫性疾病及生殖免疫异常。
4、受孕内环境异常，也就是子宫的各种异常，子宫畸形等。
5、感染。
6、环境和药物因素。噪音、高温、射线、重金属及致畸药物接触等。
7、原因不明，临床上有一半的胚胎停育找不到原因的，以上是最常见的几种原因。