肛窦炎和痔疮之间是有区别。首先，发病的原因不同，肛窦炎又叫做肛隐窝炎，主要是因为肛隐窝部位受到粪便和细菌感染，所引起的炎症性疾病。痔疮主要是痔区的静脉回流受阻，扩张迂曲，肛垫下移所形成的血管团，并不是炎症引起。
其次，表现症状也不同，肛窦炎主要是肛门疼痛，肛门出现异物感，有可能分泌脓性的分泌物，没有肛周肿物脱出。而痔疮主要是以肿物脱出、便血为主要症状，还会出现肛门下坠。当急性发作期，会出现发炎和充血，形成血栓也会导致肛门疼痛。