脑膨出治疗的后遗症有以下后遗症：局部积液， 如果脑脊液吸收障碍，液体会积聚在修补部位，影响切口愈合，通过间歇性抽液、加压包扎来控制。
脑积水表现为患儿头围增大及前囟饱满，此时可以放置脑室腹腔分流进行治疗。如果在脑脊液通路上发生感染，须先给患儿放置脑室外引流，待伤口愈合、感染治愈后，再行脑积水分流手术，虽脑膜脑膨出中脑积水的发生率远高于脑膜膨出，但两者脑积水的治疗方法是相同。
最后就是癫痫，癫痫的发生与中枢神经系统发育不全及脑膨出修补治疗都是有关系。