对于肾盂输尿管连接部梗阻，主要同两种疾病相鉴别，输尿管结石、输尿管肿瘤。
输尿管上段结石和上段肿瘤也会导致泌尿系梗阻，从而引起肾盂积水，因为肾盂输尿管连接部狭窄，主要就是由于狭窄导致肾盂内尿液无法下行，从而产生肾盂积水，导致患者腰酸、腰胀以及引起肾功能损害的症状，对于输尿管结石和输尿管肿瘤可以进行ctu，也就是泌尿系增强ct来进行鉴别诊断，可以同肾盂输尿管连接部梗阻进行鉴别，从而不同的疾病有不同的治疗方式，输尿管恶性肿瘤需要进行肿瘤根治手术、输尿管结石可以进行碎石手术，对于肾盂输尿管连接部梗阻，可以进行重建手术。