新型冠状病毒核酸检测的标本，包括鼻咽部的分泌物、痰液、肺泡灌洗液等。
临床上以咽部的分泌物最为常见，可以通过咽试子留取咽部的分泌物，进行新型冠状病毒核酸的检测。新型冠状病毒核酸检测，操作简便、痛苦性小。但是不能通过一次阴性而除外新冠病毒的感染，需要进行多次检测，并结合患者的临床症状，以及流行病学接触史。
除了咽部分泌物以外，也可以采集痰液或者是肺泡灌洗液，进行新型冠状病毒核酸的检测。出现多次阳性时，可确诊为新型冠状病毒的感染。