纵隔囊肿的症状主要以压迫症状为主，具体的症状和压迫的器官有关。纵隔囊肿的早期症状，可以没有任何的症状，随着纵隔囊肿的逐渐增大，会对周围的器官造成压迫。
纵隔压迫气管，可以出现咳嗽的症状，主要以干咳为主，如果肿瘤对气管造成严重的压迫，患者还可以出现呼吸困难的症状。
纵隔囊肿压迫食管，可以出现吞咽困难。纵隔囊肿如果压迫上腔静脉，可以导致上腔静脉回流受阻，患者可以出现颈静脉怒张的症状。肿瘤如果压迫迷走神经，患者可以出现声音嘶哑的症状。