黄连素胶囊其主要适应症为，用于肠道感染，比如胃肠炎。在使用该药过程中不良反应通常较少，偶尔可以出现恶心、呕吐、皮疹和药热，停药后症状可以缓解。
使用该药的禁忌症为，溶血性贫血患者及葡萄糖，6磷酸，脱氢酶缺乏患者禁用。服用该药的注意事项主要有，妊娠期头3个月慎用、如果服用过量或者出现严重不良反应，需要立即就医。对本品过敏者禁用，过敏体质者慎用。本品如果性状发生改变，也是需要禁止使用的。