长期腹泻是有可能导致心肌炎的，当然并不是所有的长期腹泻都会引起心肌炎的发生，只有病毒感染导致的长期腹泻会引起心肌炎的发生，如柯萨奇病毒、埃可病毒、腺病毒等引起的腹泻，尤其是柯萨奇B组病毒引起的腹泻，更容易引起病毒性心肌炎的发生。
病毒可以直接进入心肌细胞造成心肌损害，也可以引起机体的免疫反应导致心肌细胞受损，还可以侵犯心脏的传导系统，最终引起心脏结构和功能的损害导致心肌炎的发生。
所以对于病毒性腹泻要积极的给予治疗，一旦出现心肌炎要及时治疗，防止发生重症心肌炎或者暴发性心肌炎。