横纹肌肉瘤所带来的危害主要是由其病灶来决定的，发生在头颈部的横纹肌肉瘤通常会使人体出现眼肌麻痹、脑神经瘫痪、面肌痉挛、气道梗阻、脑膜刺激征等危害。
发生在泌尿生殖系统的横纹肌肉瘤会使人体出现尿路梗阻、血尿、肠梗阻等危害。出现在四肢和躯干的横纹肌肉瘤，可能会因为脊髓或者是神经受压而出现相应的临床症状，例如肢体的疼痛、麻木、活动功能受限。
除此以外，横纹肌肉瘤还可以转移到肺部、骨髓、淋巴结、颅脑、肝脏等部位，随着病情的发生，后期会出现淋巴结转移和血行转移的症状。