因为小儿脑积水主要是由于脑脊液在脑室系统及蛛网膜下腔过多而引起相应的临床综合症。在临床上其主要表现为增高及相应的神经功能症状，所以其并发症主要是由于小儿脑积水所造成的后果。比如如果脑积水不进行处理，那么患者脑积水会进行性加重，那么患者可能会并发精神不振、迟钝、容易激惹、抬头困难、痉挛性瘫痪、智力及发育障碍、癫痫等并发症。
如果病情进一步发展，患者有可能发生脑疝而死亡，还有一些患者由于长期的身体被大量的消耗，会并发营养不良、全身衰竭、肺部感染、下肢深静脉血栓等并发症。还有部分患者可能并发颅内低压或者颅内出血并发症。