频繁地长扁桃体结石，需要根据结石大小以及其他症状进行处理。如果扁桃体结石比较小，没有引起明显不适症状，例如咽内异物感等可以不做特殊处理。但平时要注意口腔卫生，经常刷牙漱口。
如果引起明显的不适症状，而且伴随扁桃体炎症，需要口服抗感染的药物，例如口服抗病毒药物或抗生素药物控制炎症。
对于比较大的扁桃体结石，可能需要采取手术治疗将结石取出。如果反复长扁桃体结石，已经严重影响生活，需要做扁桃体切除手术。